初次使用者可出現頭暈、惡心、嘔吐，嚴重者出現冷汗、血壓下降、心慌等。特殊體質者可出現過敏，與生物相容性有關。血液灌流的副作用與其特點有關，目前采用的血液灌流多半通過樹脂吸附實現功能，除吸附毒素之外，對血小板也有一定的吸附作用，因此可對患者血小板造成一定影響。另外，血液灌流需要大劑量的抗凝藥物，患者凝血功能在短期之內有所改變。建議血液灌流前后注意評估患者凝血功能、血小板數目，排除出血的可能性。