咽旁間隙腫瘤手術的并發癥，主要依據腫瘤對周圍侵犯的情況和手術當中能夠剝離的情況來判斷。主要分成幾個方面，首先是神經，該部位是從顱底下行以后，集中通過的通道。所以對相對應的顱神經的損傷，有一定影響，最主要的就是副神經、交感神經，包括動眼神經，會出現聲嘶、面部潮紅、瞳孔散大、瞼裂縮小等相應的神經癥狀。如果對骨骼或者周圍組織造成浸潤，會造成相應的骨缺損、軟組織缺損。