電子喉鏡可以從鼻腔放入，也可以從口腔放入，主要與檢查者的情況有關。若從口腔內放入，通常需要患者拽住自己的舌頭，同時放入防止牙齒閉合的物品，以避免咬壞喉鏡。若患者沒有辦法張口，如腦梗或腦出血患者意識不清，或者是孩子不愿配合檢查，此時可以經鼻腔放入喉鏡，然后經前鼻孔到后鼻孔，再到咽喉部。部分患者需同時進行電子鼻咽鏡與電子喉鏡檢查，因為是同一個人，所以也不會造成交叉感染，通常就會使用一個內鏡。將內鏡從鼻腔伸入，然后進行前鼻孔、鼻道以及后鼻孔的檢查，然后同時進行咽喉部檢查，而不會同時使用兩個內鏡分別檢查。