試管嬰兒和正常懷孕出現的新生兒缺陷的幾率是相似的，因為試管嬰兒的過程只是把女方的卵子和男方的精子在體外，即在實驗室下受精培養成胚胎，然后再放回到女性的子宮里面讓她懷孕。在實驗室培養的過程也就是大概3-5天的時間里面，就是說母體還是要經過10月懷胎再分娩的，并且卵子和精子都來自于夫妻雙方，并且遺傳物質都是來自于夫妻雙方，后面正常懷孕的過程跟自然懷孕基本上是類似的，所以出生缺陷的幾率基本上也是相似的。但是如果是夫妻雙方本來有一些遺傳性的疾病的情況下，這種可能出現缺陷的幾率會增加。如果是夫妻雙方本身沒有一些遺傳性的疾病，下一代出現這種異常的幾率和通過正常懷孕分娩的這種出現幾率是相似的，大概在5%左右。如果本身夫妻雙方有遺傳性的疾病，也建議做第三代的試管嬰兒，即胚胎植入前遺傳學診斷，這樣來講會降低新生兒出現缺陷的幾率。