試管嬰兒懷雙胞胎的幾率遠大于自然懷雙胞胎的幾率，試管嬰兒的出現雙胞胎概率在20%-30%，而自然懷孕出現雙胞胎的概率在1%左右。雖然進行試管嬰兒時女性懷雙胞胎的概率較大，但是并不建議為懷雙胞胎而進行試管嬰兒，因為雙胎妊娠相比單胎妊娠，胎兒以及母親出現的合并癥較多。并且雙胎可能會對胎兒發育造成一定的影響，孩子出現早產的風險遠大于單胎。早產后孩子各臟器發育可能并不成熟，需轉到新生兒病房進行照顧，對父母經濟與心理上的負擔較大。此外，在孕期雙胎會加重母親的生理負擔，易導致先兆流產，而且妊娠期糖尿病、妊娠期高血壓甚至胎盤早剝的發生幾率也比單胎妊娠更高。目前在國際上為減少產科的并發癥，較推崇進行單胚胎移植。