第一，囊胚培養最大的風險就是培養失敗，胚胎培養要求的條件高，由于實驗室培養條件或者是胚胎自身的原因，胚胎可能會停止發育或者是退化，而導致沒有胚胎可以移植，目前囊胚培養技術已經十分成熟，囊胚形成率可高達65%，即使最優秀的胚胎學家也無法準確的預測囊胚的形成，所以沒有囊胚形成，使得無胚胎移植的情況也時有發生。第二，就是體內的環境比體外好，囊胚培養需要在體外多培養2-3天，目前體外培養的環境通常是在模擬體內的情況，理論上胚胎較理想的發育環境應該是在母體的子宮，體外條件的未知因素是否會對胚胎產生不利的作用，是否會改變表觀遺傳學的功能，是否會產生成人的疾病，當然這些觀點還存在爭議，研究還在繼續，需要時間回答這個問題。第三，單卵雙胎的概率會增加，單囊胚移植后可以明顯的降低多胎率，但是單卵雙胎的發生率比卵裂期胚胎略微增加，這是我們需要關注和研究的一個問題。