三代試管嬰兒技術可以進行性別選擇。但是我國目前的政策在沒有醫學指征的前提下，不允許進行性別選擇。所以現在的三代試管嬰兒技術目的不是進行性別選擇，是要篩選掉致病基因，阻斷致病基因隨子傳遞。 有些特殊患者，比如Y染色體微缺失，因為生男孩，其子代會發病，所以這類患者會建議進行性別篩選，選擇生女孩。現在國家已放開二胎，從自然生育、自然妊娠的角度來說，男女之間的比例基本上趨于平衡，所以要借助三代試管嬰兒技術進行性別選擇，基本上沒有必要。