男生上廁所的時候小便刺痛，最好先做尿常規檢測，觀察尿中是否有大量的白細胞，然后再用藥，因為推薦的藥物都是抗生素，是處方藥，不宜自行去購買用藥，分為以下幾種情況：1、尿道炎：平時包皮過長，又不注重個人生殖器衛生，或包莖，包皮垢里的細菌，如大腸桿菌、表皮葡萄球菌入侵進入尿道，造成尿道炎。這時治療首選喹諾酮類抗生素，如左氧氟沙星，或選擇頭孢類抗生素，代表性藥物如頭孢克洛；2、淋病：如果有不潔性接觸，除了小便的時候刺痛，尿道外口也會瘙癢，特別是有黃白色相間的膿液，經常會主訴在晨起的時候，甚至內褲和龜頭都粘在一起。這種情況做快速的病原體檢測，可能會發現鏈球菌，診斷明確后，可以采用大劑量的頭孢菌素，或采用靜脈輸液的方法來進行治療，一定要到醫院診斷；3、非淋菌性尿道炎：也與性傳播有關，癥狀和淋病非常相似，但病原體檢測是支原體、衣原體。這時一般建議使用大環內酯類抗生素，代表性藥物有羅紅霉素、阿奇霉素，一般療程為2-3周。