男生早上起來上廁所很痛的原因具體如下：1、尿道炎：男生早上起來上廁所很痛首先需要考慮尿道炎，此時男生首先要自檢包皮是否腫脹，是否有包皮炎的表現，或者平時龜頭能否露出，是否有包莖的狀況，這兩種是男生誘發尿道炎很常見的狀況；2、淋病：如果此位男生有不潔的性接觸，要注意尿道外口有無分泌物流出，如果有一些黃白色的膿液，有時會將龜頭和內褲粘在一起，此時要高度懷疑有無淋病的可能，最好到醫院進行檢測。如果尿中發現了有大量的白細胞，建議進一步進行淋球菌的鑒定，如果確診淋病，建議可以使用大劑量的頭孢菌素來進行治療。但是如果鑒定的結果是支原體、衣原體感染，此情況下診斷為非淋尿道炎，此時的治療可以采用大環內酯類的抗生素進行治療，代表性的藥物包括羅紅霉素、阿奇霉素等，都會有很好的療效。此外，如果男生反復的包皮炎或者包莖，則建議盡早做包皮環切手術。