胚胎在冷凍過程中，需從正常生理溫度降至超低溫，解凍過程中又需從超低溫恢復至生理溫度，此種大幅度的溫度變化或波動，可能會影響胚胎存活及生物活性，甚至導致細胞死亡，稱為冷凍損傷。胚胎質量變差主要與兩個方面有關： 1、胚胎本身的質量：在同等條件下，優質胚胎復蘇率高于非優質胚胎，胚胎質量的好壞取決于幾個方面，如患者夫婦自身條件、培養體系、胚胎培養環境等，但較關鍵的因素是患者自身的條件，只有獲得高質量的卵子和精子，才可獲得高質量的胚胎。若無高質量的卵子和精子，無論用怎樣完善的培養體系或環境，均無法改善，使它們成為優秀的胚胎，如年齡較大，身體素質差或有全身性疾病的患者，卵子本身質量較差，或男方精子活動力及形態較差，形成的胚胎有可能發育速度遲緩或等級較低，這些胚胎更易在冷凍解凍過程中受到損傷，解凍后胚胎中可能有部分細胞會出現死亡，有時所有的細胞都會死亡，即解凍復蘇完全失敗的情況； 2、與冷凍解凍過程中胚胎受到的損傷有關：目前普遍采用玻璃化冷凍技術，將胚胎存活率提高至95%以上，絕大部分胚胎不會因此過程質量變差，但仍然有個別胚胎由于質量差，或本身對冷凍解凍過程中的溫度劇烈變化較敏感，或受到冷凍解凍試劑的影響等，也會出現胚胎變差甚至死亡的情況，若某患者胚胎數量較少，或質量不佳，解凍后復蘇失敗，會出現無胚胎可用的情況，或解凍后，雖然胚胎存活，但評級較低，妊娠率可能會較差，不適合移植，此時建議取消此次胚胎移植，以減輕患者心理負擔，也減少費用。