脂肪填充作為目前應用比較廣泛的手術，后遺癥較小，比較常見的后遺癥，即脂肪存活率降低。如果局部營養不良，脂肪吸收后局部會出現小結節，即營養不良后形成鈣化顆粒，但通常較少發生。比較嚴重的后遺癥即發生脂肪栓塞，若脂肪注入血管中會造成局部血管栓塞，導致皮膚壞死，甚至失明，以及腦梗等。但通常隨著技術成熟，上述嚴重并發癥或后遺癥較為少見。