腎囊腫只是腎實質的囊性改變，若腎囊腫足夠小，并不會產生相應的癥狀，大多數屬于隨訪觀察。大概每半年到一年進行B超、CT、核磁共振等相關檢查，明確囊腫大小變化趨勢，定期復查即可。若腎囊腫足夠大，尤其腎外型囊腫＞5cm，會產生腰部脹痛，此時在患者身體能夠耐受的情況下推薦干預。但并不是以往經常做的抽吸囊腫，包括注射硬化劑，因為這些容易感染，而且局部復發率相對較高，因此推薦進行腎囊腫的開窗減壓手術。若囊腫位于腎盂旁則需額外干預，其處理指征可能更積極，因為該類囊腫更容易產生壓迫，包括腎盂血管的壓迫癥狀，將來腎功能也會有影響，因此建議更積極的治療，大概3cm時就可干預。如果一旦出現腎囊腫囊內的鈣化，出現分隔，就需額外注意。早期可通過增強CT檢查，明確有無惡性變的可能，若出現惡性病變，還需盡早積極干預。