不同的乳腺癌內分泌治療，選擇不同的藥物，會有不同的副作用，常用的藥物有以下幾類：1、SERM藥物：有一類乳腺癌的治療藥物是SERM類的藥物，代表藥物在臨床上常見的是三苯氧胺又稱為他莫昔芬，在臨床上見到的樞瑞(枸櫞酸托瑞米芬片)、法樂通(枸櫞酸托瑞米芬片)都是這類藥物。這類藥物最主要的副作用是可以引起子宮內膜增厚，增加發生子宮內膜癌的風險，但是發生子宮內膜癌的幾率比較低，從控制腫瘤的效果而言，其得到的好處會比誘導發生子宮內膜癌的風險造成的壞處要大很多。所以對于這類患者還是應該定期監測子宮內膜的厚度、盆腔彩超，如果子宮內膜有異常增厚或出現不規則陰道出血的情況下，應該積極到婦產科就診，還是應該建議這類患者使用內分泌治療藥物。另外的副作用包括脂肪肝或者是眼部疾病，這種眼部疾病的副反應發生的幾率會比較低；2、芳香化酶抑制劑：還有一類內分泌治療藥物是芳香化酶抑制劑，目前臨床上常使用的芳香化酶抑制劑是第三代的芳香化酶抑制劑，副作用比較小，芳香化酶抑制劑最主要的副作用是會加重骨質疏松。本身芳香化酶抑制劑，要求患者處于絕經狀態下才能使用。這類內分泌治療藥物，本身雌激素會對人體的骨質健康起到較好的保護作用，使用芳香化酶抑制劑之后，會大大降低體內的雌激素水平，導致這種保護作用去除掉。本身絕經的患者就容易發生骨質疏松，再進一步降低雌激素水平后，骨質疏松可能會得到加重。所以對于使用第三代芳香化酶抑制劑的患者應當適當增加補鈣，或者是糾正骨質疏松的藥物治療；3、卵巢功能抑制劑：還有一類內分泌治療的藥物是卵巢功能抑制劑，對于年輕還沒有絕經的患者，可以使用卵巢功能抑制劑來壓制卵巢的功能，使卵巢分泌激素的能力或者水平下降，導致患者提前進入絕經狀態。這個治療最主要的副作用，就是讓患者提前進入絕經狀態，因此患者可能從生理年齡上而言沒有到絕經的年齡，但是使用這種藥物很快進入絕經的年齡，副作用就包括陰道干澀或者是潮熱、多汗等絕經期的臨床表現。