胃腸間質瘤是源于胃腸道未定向分化的間質細胞，是一種間葉組織來源腫瘤。所有這部分間葉組織來源的腫瘤應該都有復發轉移的傾向和可能，因此在本質上仍然是屬于惡性腫瘤。 但是值得注意的是對于胃腸間質瘤來講，根據腫瘤大小病理結果中不同的核分裂，把這種間質瘤從極低危險、低危、中危、高危進行不同危險度的等級排列。 如果對于極低危和低危患者手術以后的復發轉移概率相對比較小，與此同時此部分患者在手術以后只需要進行密切隨訪即可。 但是對于部分中危或者高危的患者，如果在基因診斷明確的前提下，還是需要給予進行一些靶向藥物的輔助治療，才能確保患者長期的生存。 因此對于間質瘤從根本上講其實還是一種惡性腫瘤，需要根據不同的病理檢查結果判斷預后。