胃腸間質瘤是一種特殊的腫瘤，來源于間葉組織，不能簡單地判斷其為良性或者惡性。短期內胃腸間質瘤是良性病變，但是隨著時間的推移，胃腸間質瘤大多會出現惡性行為，如不斷變大、發生轉移、術后復發等。 因此，可以認為胃腸道間質瘤是具有潛在惡性的腫瘤，惡性潛能的高低由腫瘤的部位、大小和病理結果決定，惡性潛能越高，致死的可能性越大。總而言之，腫瘤體積越小、核分裂象越少，惡性潛能越低。但為預防其惡性轉化，必須早診斷、早治療、早期復查。