多囊卵巢的治療在近幾年一直是一個難題，因為其發病機制不明，治療也有一定的難度。簡而言之，臨床上主要以調整月經周期、促進排卵和促進生育為主要目的。因為有些患者合并有血糖問題或胰島素釋放問題，需要終身治療。在治療中，可能需要隨時監測患者的內分泌水平以及體重。內分泌即女性激素，需要進行監測，根據數值調整治療。此外，很重要的是患者需要控制體重，體重超重會讓治療效果大打折扣，也會讓生育的希望值間隔較遠。更重要是藥物治療，通過使用藥物降低體內的雄激素，需要促進卵巢分泌。常見的藥物是達英-35，它是一種雌激素和孕激素的復合制劑，可達到降雄激素和調整月經周期的目的。同時在停藥之后，醫生會使其他的手段來促進生育，使卵巢功能再次得到發育。