所有的經皮肺穿刺術后都可能會出現各種各樣并發癥。比如穿刺肺組織后引起氣胸，在穿刺的過程中損傷周圍小血管導致局部出血，部分大血管可能會出現擦傷，會出現血管內皮損傷，導致大量出血引起血胸，損傷肋間神經引起疼痛，術后感染發生率也比較高。作為一個有創的穿刺，人體正常的一些反應可能會引起發熱，因此穿刺后24小時內，要嚴密觀察患者的癥狀，告知患者需要臥床休息，減少氣胸，甚至術后出現出血的可能。此外還存在針道轉移的可能，但是這種針道轉移，通過有效的穿刺手段，通過更加好的穿刺技術，可以最大程度的避免。