扁平疣主要是病毒性疾病，所以有些扁平疣，需要通過抗病毒的方法治療。外擦藥用阿昔洛韋、噴昔洛韋以及干擾素外擦。同時也是角化過度性疾病，可以用一些抗角化藥物，即維甲酸類藥物，如阿達帕林、0.025%的維A酸乳膏、0.1%的迪維霜。因為其也可能是免疫功能低下造成，還要用一些增強免疫功能的藥物。口服的有中成藥黃芪顆粒，西藥有轉移因子膠囊，必要時還可以打增強免疫功能針，比如斯奇康，即卡介菌多糖核酸注射液。另外，可以用點陣激光來增強透皮吸收能力，也可以用普通的二氧化碳激光和冷凍進行治療。總之對于不同的皮損，不同的自身情況，用不同的藥物，也就是需因人而異。