根據肝囊腫的分類，最多見的是先天性肝囊腫，以及其它的腫瘤性肝囊腫、炎癥性肝囊腫、寄生蟲性肝囊腫。對于最多見的先天性肝囊腫，最主要的治療方法是手術，目前主要采用微創治療方法，如腹腔鏡肝囊腫去頂減壓術，以及其它治療方法，如通過注射酒精，使肝囊腫縮小，但這種效果一般不佳，容易復發。對于其它類型的肝囊腫，比如寄生蟲性肝囊腫以及腫瘤性肝囊腫，可以開具相應肝臟切除手術方案。對于先天性肝囊腫，手術治療效果比較好，經過去頂減壓以后，肝囊腫一般會消失，但有時候會復發。對于寄生蟲性肝囊腫，切除以后，輔助抗寄生蟲藥物，效果比較好。對于腫瘤性肝囊腫，切除肝段或者肝葉以后，若為良性腫瘤性肝囊腫，則手術效果比較好；但若為惡性，則囊腫有可能會復發，這是時間長短的問題，有的時間可能長，有的時間短。如果惡性腫瘤性肝囊腫為早期，則通過手術切除有可能治愈。