直腸炎通常會用一些方法減輕直腸黏膜水腫，口服一些藥物，改變腸道的菌群，給予一些益生菌藥物，像中成藥香蓮丸，還有局部給消炎藥栓，比方柳氮磺吡啶栓、美沙拉嗪栓，甚至化痔栓，都有消炎作用。只要能夠達到使局部黏膜充血和水腫的組織改變能夠逆轉，都會減輕患者的局部癥狀。醫院肛腸科有些病人，采用把彌散的He-Ne激光導到直腸腔里，做黏膜照射也能夠起到很好的治療作用。