醫生一般根據甲狀腺乳頭狀癌患者的腫瘤大小、是否有淋巴結的轉移、患病年齡、疾病分期等因素，選擇性的采取手術切除治療。手術的方式主要包括兩種，一種是甲狀腺腺葉的切除，即甲狀腺的部分切除，另一種是甲狀腺的全切除，即把整個甲狀腺組織切除。切除術后一般根據患者術后的病理、是否有周圍組織浸潤等情況選擇后續的治療。后續的治療包括兩方面：1、術后常規口服甲狀腺激素進行抑制治療，將TSH指標降到較低的水平，有助于減少疾病的復發和死亡率，一般根據術后疾病風險的分層，設立不同的TSH值下降目標，有助于患者進行進一步的改善治療；2、術后進行放射性碘-131治療，分兩種情況，一種是清灶治療，另一種是清甲治療，清甲治療就是對甲狀腺術后部分殘余的甲狀腺正常組織進行破壞，以達到減少疾病復發、轉移的目的，清灶治療主要是對可疑的殘留甲狀腺病灶或者一些微小的轉移病灶進行碘-131治療，進一步對腫瘤進行殺滅；3、對于甲狀腺乳頭狀癌晚期的患者或者術后復發、出現遠處轉移的患者，針對性的治療方面主要包括全身治療，比如化療，通過一些化學藥物的全身治療達到疾病控制的目的，對一些有癥狀性的內臟轉移患者，包括骨轉移、肝轉移等，可以通過局部的射頻消融術或者其他微創的手段進行控制，以達到最大程度控制疾病的目的。