菌群失調不會引起膀胱炎，因為菌群失調指存在于消化系統中，或存在于女性生殖系統陰道內的正常細菌菌落發生變化，當有益菌減少而有害菌增加時會出現感染的情況。但正常人機體當中的泌尿系統，如腎臟、輸尿管、膀胱及尿道內不存在細菌，因為正常的尿液無菌，所以膀胱并不存在正常的菌群，即不存在菌群失調而導致膀胱炎的情況。若患者的尿液中或膀胱內出現細菌，可能為有害菌侵襲到膀胱內導致的膀胱炎。所以菌群失調指泌尿系統外的疾病，如消化道或女性的生殖系統中正常菌群出現變化而導致感染。但膀胱或泌尿系統正常情況下不存在細菌，所以并無菌群失調的問題。