肺部穿刺會使用麻醉藥進行局部麻醉，進行局麻時存在輕微疼痛，類似于平時進行肌肉注射或者皮下注射胰島素的感覺。大部分病人局部麻醉后再用穿刺針進行穿刺時不會存在明顯疼痛；小部分病人對疼痛比較敏感或疼痛閾值比較低，可能會有一些不適感，但不會產生劇烈疼痛；個別病人會產生胸膜反應，屬于胸膜對外界刺激的反應。此類患者主要表現為植物神經反應，病人會有出虛汗、心慌等感覺，但并不是疼痛。 患者可能還會關注局部麻醉藥時間過后，也就是45分鐘后是否存在疼痛，一般情況下在做肺穿刺時當穿刺針拔出體外后，不會再有后續的疼痛反應，有一些疼痛閾值確實比較低的病人會有胸部不適感，穿刺后24小時內可以給予適量鎮痛藥。超過24小時疼痛會完全消失，病人不會有任何不適感。