三叉神經顯微血管減壓術是有一定潛在高風險的手術，是由手術區域所決定。該區域位于腦干發出三叉神經的地方，不但有重要的神經結構以及腦結構，同時該區域有眾多的重要血管結構。如巖靜脈是非常粗大的一組回流靜脈，一旦破裂出血非常洶涌，而狹小的手術空間很快就會把手術也覆蓋掉，導致不可控制的大出血。同時這里也有像小腦上動脈、小腦前下動脈、基底動脈和椎動脈，所以這個區域有一定風險性。另外在該區域里面，三叉神經下方就是面神經和聽神經，以及前方還有諸如外展神經、滑車神經都是重要的神經結構，所以該區域的手術有一定的風險性。