所有手術共有的并發癥或風險，三叉神經痛手術也同樣有，如麻醉意外，感染、出血等，但發生概率很低。另外，該區域的特殊性決定了其風險或并發癥的特殊性。該區域有眾多神經，如三叉神經管面部感覺，以及眼淚分泌，一旦神經完全損傷，可能會出現面部麻木、眼球干澀。該區域還有面神經和聽神經，面神經一旦損傷，就可能出現面癱，永久性面癱；聽神經損傷就可能出現一側永久性聽力喪失，也稱為失聰。另外下方還有其他神經，后組顱神經一旦損傷可能出現聲音嘶啞、飲水嗆咳等。