對于纖維肌痛的診斷，目前沒有特定的化驗檢查，或者其他的輔助檢查手段，主要是根據患者的臨床特征以及典型的壓痛點就可以診斷。如果患者有持續3個月以上的全身疼痛，并且在18個壓痛點當中有11個是陽性的疼痛點，就可以診斷為纖維肌痛綜合征。但是在診斷纖維肌痛綜合征的同時，還要和其他的一些疾病來進行鑒別。主要有慢性疲勞綜合癥、慢性活動性的EB病毒感染，或者特發性的慢性疲勞綜合癥，可以有全身疼痛的情況。另外，風濕性多肌痛可以表現是肩胛帶，或者頸、背、骨盆肌肉疼痛的情況，伴有發熱、乏力等。但是這類的患者往往都是有血沉增快、C反應蛋白增高的情況，而且多在老年人出現。此外，就是精神風濕癥，這些患者的發病帶有情感色彩，疼痛定位比較模糊，而且變化也比較多，不受天氣、活動的影響和患者的情緒有密切關系，而且多有情感紊亂的情況。其他的如類風濕關節炎，或者肌筋膜疼痛綜合征也可以出現類似纖維肌痛的情況，所以在臨床上要和這些疾病來進行鑒別。