肺部結節的手術雖然是微創手術，選擇胸腔鏡手術的較多，但是與傳統手術一樣，有一定風險，如麻醉意外、術中出血、神經損傷、心律失常等問題。因為肺部手術可能產生誤區，而考慮都是微創手術，即胸壁外側微創，內側也是微創，其實并非如此，主要是胸部胸壁的微創。胸腔內的操作還是一樣，主要是手不到手術區，借助專用的手術器械完成傳統手術的胸腔操作。手術后的并發癥，如出血、滲血，有時意外血氣胸、血胸、支氣管殘端瘺等。這些是肺部微創手術和傳統手術中常見，也可經過改善醫療質量避免的合并癥。