通常情況下，兒童進行全身麻醉對身體不會造成較大影響。體質較差、肝腎功能不好、代謝緩慢，或麻醉時間過長的手術，可對患兒造成一定影響，例如全身麻醉藥物、鎮靜麻醉藥物、肌肉松弛藥物和鎮痛藥物。 其中，鎮靜麻醉藥物可導致患兒清醒后精神狀態異常，比如淡漠、易激怒、失眠，或者愛睡覺； 肌肉松弛藥物和部分長效鎮痛藥物可使患兒清醒后全身無力，嚴重者甚至可導致呼吸肌無力而出現呼吸衰竭，需長期應用呼吸機治療。 另外，不合適的氣管插管等用具，可損傷患兒的氣道黏膜。因此，兒童行全身麻醉時，在麻醉藥物和器材選擇方面需慎重。