排尿結束后出現疼痛的主要原因，如下所示：1、泌尿系統感染：患者尿液中含大量細菌，排尿終末期細菌會進入并停留于尿道，對尿道產生刺激，則會出現尿道疼痛及不適感。若判斷是否存在泌尿系統感染，則需到醫院化驗尿常規。當白細胞高于每高倍視野5個，即可確診為泌尿系統感染；2、膀胱結石：膀胱屬于空腔器官，結石在膀胱中處于活動狀態，排尿即將結束時，結石可能卡與膀胱與尿道連接部位，患者可出現局部疼痛不適；3、前列腺炎癥：男性患者要警惕前列腺炎癥，前列腺位于膀胱下方且包繞近端尿道。若前列腺出現問題，也會導致患者在排尿終末期出現尿道疼痛感。