真菌性角膜炎的治療分為兩大部分，一部分是藥物治療，另一部分是手術治療。對真菌性角膜炎患者，首先采用的是抗真菌的藥物治療。抗真菌的藥物有局部的滴眼液和全身用的靜脈輸注的或者口服的抗真菌藥物。通過局部或全身抗真菌藥物治療對病灶進行觀察，如果病灶沒有再繼續進一步發展、加重或惡化，就繼續進行抗真菌藥物治療。但是，抗真菌藥物治療的療程比較長，持續三周到一個月的時間。目前市面上一種比較有效的抗真菌藥物是伏立康唑，是全身靜滴的，局部點的是那特真滴眼液。那特真滴眼液目前的價格1支在600-800元之間，分為國產的和進口的兩種。但是從藥物治療的角度，按照以往治療的患者推算，需要至少2-3支以上滴眼液，需要3000元的眼藥水。如果再加上全身用的伏立康唑，伏立康唑一支有500元左右，每天打2支，每天的費用1000元，進行1-2周的全身用藥，這樣折合下來藥物治療的費用可能會有6000-7000元或者是7000-8000元。如果經過2-3周的藥物治療，真菌性角膜潰瘍沒有得到很好的控制，為了保留眼球的解剖結構避免患者失明，要采取角膜移植的方法。目前角膜移植的費用，材料費加手術費大約需要3萬元。