細菌性角膜炎病程跟感染的菌種有很大關系。如常見的表皮葡萄球菌，這些細菌的侵襲力比較弱的菌種感染以后，以通過局部的頻點抗生素眼藥水，可能1-2個星期潰瘍會得到控制。如果是綠膿桿菌之類侵襲力非常強的細菌，這種細菌一旦感染以后，角膜會出現快速的溶解而且藥物治療很難奏效，那這種情況下為了保住眼球，需要緊急進行角膜移植手術，對感染的病灶進行徹底的清除。通過角膜移植手術病灶會得到及時的切除，細菌也會完全的被去掉，感染會得到控制。