一般難治性根尖周炎需要進行手術治療。根尖周病變一般先通過根管治療去除感染的牙髓組織、病變細菌，然后通過根管嚴密消毒，機械預備去除根管、根管壁玷污層，然后再進行嚴密的根管三維充填來治愈慢性根尖周炎。但是約有一小部分通過治療以后，根尖周炎癥不能去除，一般需要6-7個月復診進行X線檢查。如果根尖周病變沒有減小或繼續擴大，或者牙齦上竇道反復出現要進行根尖手術，通過手術方法切除根尖周病變炎性組織，通過倒充填的方法來治愈這種難治性根尖周炎。