復雜性肛瘺的癥狀主要包括以下方面，復雜性肛瘺說明它存在多個管道或外口，肛瘺反復發作，所以復雜性肛瘺最重要的特點是反復發作性。總有人不認識、認識不到或者不重視，有時覺得肛門腫了吃消炎藥就好，過段時間又出現腫、流膿流水的癥狀，流完膿水后又不重視，所以反反復復的發作是復雜性肛瘺最主要的癥狀。復雜性肛瘺的癥狀都較重，本身存在瘺管比較難受，又流膿流血，膿血出不來時腫疼，多個瘺管的腫痛與流膿癥狀是非常重的。還有大家可以自己摸到的腫塊，包括條索越來越多、腫塊越來越大，條索可能今天發作一根，下次發作可能兩根，再下次可能三根。最多的一個瘺管有七根條索，這就是非常復雜的肛瘺了。所以復雜性肛瘺最主要的癥狀是反復發作、反復腫痛、流膿血。而且包塊越來越大、越來越多，以上為復雜性肛瘺的癥狀。