結腸黑變病是一種良性的可逆性的病變。在消除致病因素后可以發生逆轉。有文獻報道，停用蒽醌類瀉藥6-12個月后結腸黑變病可逆轉消失。結腸黑變病的預后較好。部分患者在停用蒽醌類的瀉藥后，結腸黑變病不能被短期治愈。數年間內鏡下表現變化不大，研究表明，結腸黑變病有可能增加結腸息肉的發病率，而腺瘤性息肉存在癌變風險。有報道認為，結腸黑變病是介于正常結腸黏膜和結腸腺瘤之間的階段，存在癌變風險。因此對于結腸黑變病的患者，除建議通過飲食或者藥物治療，改善便秘等癥狀，慎用含有蒽醌類成分的瀉藥外，還建議定期進行結腸鏡檢查，警惕結腸息肉和結腸癌。老年患者既有息肉病史者，應長期進行臨床跟蹤，定期復查結腸鏡，發現炎癥、息肉或腫瘤等病變，及早進行治療以免耽誤時機。