目前主要的治療方法是改善飲食習慣、藥物治療，體外沖擊波碎石、手術碎石、開放手術。少數較小的尿路結石，可選擇α受體阻滯劑、清熱利尿、通淋排石中草藥、別嘌呤醇西藥進行排石。腎結石可選擇體外沖擊波碎石術、經皮腎鏡取石、輸尿管鏡取石、溶石治療等方法。對于直徑≤2cm的結石，可應用體外沖擊波碎石。體外沖擊波碎石創傷較小，并發癥低，不需要麻醉，成為治療腎結石的標準治療方法。體積較大的結石，體外沖擊波雖然也能碎石，但采用經皮腎鏡等更快更有效的碎石。需要特別強調的是，如果在進行經皮腎鏡時，腎盞內的結石都完全清除，需要做手術的術者，具有相當的專業技術和經驗。輸尿管結石可選擇體外沖擊波碎石術、經皮腎鏡取石、輸尿管鏡取石、激光碎石、溶石等治療方法。體外沖擊波碎石的療效與結石大小、結石被組織包裹的程度和結石成分有關，越大且致密的結石，再次治療率較高。對直徑小于1cm的上段輸尿管結石，應首選體外沖擊波碎石。直徑小于1cm的結石，也可選擇體外沖擊波碎石、輸尿管鏡和經皮腎鏡取石。對于中下段輸尿管結石，可選擇體外沖擊波碎石、輸尿管鏡。膀胱結石可進行腔內治療，比如經尿道激光碎石，大力碎石、鉗碎石等治療方法都有效。