基礎治療后4-6周，會對牙周進行全面的再次評估，往往有以下幾種情況需要進行牙周手術治療： 1、牙周袋深度仍≥5mm且探診有出血，此時要進行牙周手術治療； 2、牙齦或者骨的形態不良、膜齦關系不正常時，進行手術治療。 手術治療通常有幾種方法，最常見也是最常用、最基本的方法翻瓣術。翻瓣術是在直視下清除齦下的菌斑、牙結石，以恢復牙周組織的生理形態和功能。一些其他手術比如植骨術多用于根分叉病變或者垂直型骨吸收處。引導性骨再生手術GTR也可以達到植骨術效果，但是比植骨術的效果更優。膜齦手術是用于改正附著齦過窄、牙齦退縮或者唇頰系帶附著位置不佳的手術，以鞏固牙周治療效果和解決美觀的問題，但所有的牙周手術治療必須在全口牙齦炎癥得到控制的條件下才能實行。