根據不同的需求，臨床上會應用到腦神經的營養藥物、肌肉松弛的藥物、抗癲癇的藥物、多巴胺類的藥物，還有抗膽堿能的藥物。比如還有一些針對合并癥的抗感染的藥物，增建呼吸功能以及消化系統功能的一些藥物。近年來有關藥物的應用比較廣泛，比如對痙攣肌可以注射A型肉毒桿菌毒素，還有口服巴氯芬，這些對短期降低肌張力很有效果。肉毒桿菌幾乎可以適用于所有痙攣型的腦性癱瘓的兒童，特別是適用于痙攣程度為中度甚至重度，同時進行運動康復訓練，但是改善不是那么明顯的患兒。根據異常的姿勢以及痙攣的不同部位，可以選擇相應的肌群進行肌肉注射，特別常見的比如小腿三頭肌的痙攣，這時候可以進行肌肉注射。但是同時我們要注意一定要配合康復治療。對于營養腦神經、腦細胞的藥物治療，需要進一步循證醫學依據。