腦神經損傷原因不同，因此治療腦神經損傷的藥物也有所區別，但是部分藥物均需要使用，所有腦神經損傷均會引起腦水腫，尤其在疾病早期和初始發展階段，幾乎所有腦神經損傷都要使用脫水藥物，另外水腫嚴重時，可能會短期使用糖皮質激素，減輕神經水腫，這兩個藥幾乎是所有神經損傷的公共藥物。其他藥物要根據導致腦損傷的不同原因選擇，比如嚴重腦外傷，患者除使用脫水藥物和糖皮質激素外，無需特殊用藥。如果合并蛛網膜下腔出血，可能需要靜脈點滴尼莫地平、法舒地爾來保護腦細胞。如果腦供血不足，可能需要用活血化瘀的藥物。如果是腦出血，基本無特殊藥物。此外在疾病恢復期可以用神經保護劑，即神經營養藥，包括尼莫地平、尼麥角林、長春西汀、依達拉奉等，均屬于神經保護劑范疇，此外胞磷膽堿可以廣泛用于各個原因造成的腦損傷。