甲狀腺小囊腫通常可以自愈，常見較小的囊性囊腫多數是甲狀腺膠質囊腫，囊腫內分泌膠質樣東西。甲狀腺是人體的內分泌器官，甲狀腺分泌甲狀腺素，如果甲狀腺素分泌過程中入血出現障礙，導致甲狀腺素淤滯在甲狀腺內，可形成淤滯性囊腫。甲狀腺素液體水分逐漸被吸收，導致形成囊液內呈膠凍樣東西，稱為膠質囊腫。膠質囊腫的成分基本上都是濃縮的甲狀腺素，如果排泄功能恢復，膠質囊腫可慢慢吸收變小。另一部分甲狀腺小囊腫，為結節性甲狀腺腫的形成，導致局部小結節壞死液化，可消失甚至自愈，所以甲狀腺小囊腫有自愈可能，一般不需要處理。基本上屬于良性疾病，也不會引起病人不適，以觀察治療為主即可。