先天性甲低一般不會有生命危險。甲狀腺功能對于人體的運轉有重要作用，如果甲狀腺功能不能繼續運轉，孩子會出現智力或者身體發育等問題，需要及時發現治療。早期發現正規治療的寶寶與正常兒童沒有不同，但是這種疾病并不是在治療一段時間之后就會全部治愈的，其需要長期治療，需要患兒長期補充甲狀腺素片，而且有的患兒還會終生補充這種藥物。 一旦患兒診斷之后就需要開始進行治療，通常在生產后的1個月開始，部分甲減是永久性治療，大多在2-3歲時可停藥。新生兒甲減越早治療，其預后效果就會越好，不會影響到孩子的生長和智力發育，及時給予科學治療，神經系統癥狀是可以逆轉的。 醫學上都認為2個月之內發現的疾病，然后進行早期治療，同時終生服用藥物，智力上基本上是正常的。如果大于10個月的寶寶才發現和治療，智力只能達到正常的80%左右，大于2歲發現，如果影響智力，這種智力落后是不可逆轉的。