先天性甲狀腺功能減低癥分為暫時性和永久性。大部分先天性甲狀腺功能減低癥，在正規治療2-3年后都可以停藥，約8%的兒童需終生服藥。先天性甲低患兒的預后主要取決于治療的早晚、初始治療左旋甲狀腺素的劑量、3歲以內的維持治療的依從性等因素。先天性甲低患兒如能在出生2周內，開始足量劑量治療，大部分患兒的神經系統發育和智力水平可接近正常。 新生兒篩查發現的甲低患兒，經過早期治療預后多數良好。晚發現、晚治療的患兒，體格發育有可能逐步趕上同齡兒童，但神經、精神發育遲緩不可逆。嚴重的先天性甲低即使早期治療者，仍有神經系統后遺癥的風險。部分治療延遲者，即使智力發育落后不明顯，也有可能存在不同程度聽、說、操作以及認知反應方面的缺陷。