任何一種手術都會有副作用，痔瘡手術也不例外，會發生短期或者長期的后遺癥。痔瘡在手術以后，短期后遺癥主要是疼痛，這是廣大病人最怕的事情，其次是反復的出血和水腫，此為最常見癥狀，但是隨著傷口的愈合慢慢會消失。對于術后長期的后遺癥，如果是肛門偏小的病人，做了手術以后形成疤痕，疤痕彈性下降以后可以造成肛門較以前變小，以后排便會感覺到費力，但是現在科室醫生已經意識到該問題，在手術前會評估肛門大小，手術中就會針對性的預防處理，情況相對也會少。另外手術以后，部分病人感覺到排便習慣相比以前會發生變化，感覺到肛門排便不順暢，此種情況比較少見，但是較多病人會以為是痔瘡手術引起，但是此種情況相關性并非是必然性的。