目前公認的治療腦梗最好的藥是在時間窗里用的溶栓藥。在3-4.5小時內可考慮用阿替普酶溶栓，6個小時內可考慮用尿激酶溶栓，這是目前公認最好的藥。很多病人就診時是偏癱，說不出話，甚至昏迷，打一針溶栓針，半個小時或一小時就能下床走動。 如果過了時間窗，溶栓藥就沒有用藥的指征，所以建議患者懷疑有腦梗塞時，盡早就醫，不要錯過溶栓時間窗。其它藥，如清除氧自由基的藥、腦保護藥甚至中藥，都是輔助治療。 還有些病人錯過溶栓的時間窗，使用的藥物是抗血小板藥，他汀類穩定血管內皮細胞藥物，這種藥物對治療腦梗塞非常重要。