自然流產的原因有很多，而占到比例最大的是來自于胎兒的因素，也就是胎兒染色體的異常，胚胎染色體的異常可能占到自然流產原因當中的50%-60%，也就是說多半的自然流產是由于胚胎本身的染色體的異常所造成的，像這樣的胚胎，用再多的保胎藥物也是無濟于事。除此之外，另外還有母體的因素可以造成自然流產，比如說母體有全身性的疾病，嚴重的感染、高熱、肝腎功能的異常，還有嚴重的高血壓、貧血都可能造成流產，還有母體的生殖器官的發育異常，比如子宮的畸形、子宮腺肌病、巨大的子宮肌瘤，都可能造成流產。第三點是母體內分泌異常，比如黃體功能不足，孕酮低，其實只占到自然流產原因中很少部分，另外還有甲狀腺功能的異常、糖尿病，都可能會造成自然流產。第四點是創傷以及不良的生活習慣，比如抽煙、喝酒，創傷包括心理性的創傷和生理上的創傷，都會造成自然流產。還有免疫因素，包括母體有自身的免疫以及同種免疫，都可因為抗體的產生而造成流產，還有很罕見的因素，如父親可能出現染色體的問題或者精子的異常。以及環境因素，比如化學因素、放射線等等都可造成自然流產。