自然流產的原因，可能與胎兒有關，孕婦未將原發疾病控制完善或自身不知情，可能因為自然流產而檢查才發存在原發疾病，主要分為以下方面：一、胚胎原因：即胎兒本身的因素，常見于染色體或基因異常，即存在先天畸形是自然流產的最主要原因，尤其是極早期、早期的自然流產，染色體異常的幾率通常能夠達到50%以上。如果有條件，孕婦自然流產后最好能檢查胚胎或胎兒的染色體，對指導以后的懷孕具有輔助作用；二、孕婦原因：1、嚴重高血壓：血壓控制較差；2、糖尿病：血糖控制較差；3、甲狀腺疾病：甲狀腺功能減退、甲狀腺功能亢進癥，未通過藥物治療進行控制；4、內分泌疾病、免疫系統疾病：有些孕婦存在抗磷脂綜合征或紅斑狼瘡等疾病，也可能是導致胚胎自然流產的原因；5、感染：有些孕婦本身存在嚴重的炎癥，如盆腔炎或其他全身感染性疾病，也可能導致自然流產。