扁桃體發炎、牙齦腫痛使用的抗生素首選藥物不完全一樣，扁桃體發炎可以選擇頭孢或阿莫西林類抗生素，牙齦腫痛可以選擇甲硝唑這類抗厭氧菌的消炎藥進行治療。雖然扁桃體和牙齦都在口腔，但是致病細菌和敏感的抗生素類型并不完全相同。扁桃體可能是乙型溶血性鏈球菌造成的感染，所以青霉素族抗生素，或者是頭孢類抗生素可能更為敏感，其他的廣譜類抗生素也有治療作用。如果有青霉素或者頭孢類抗生素過敏的情況，也可以選擇紅霉素，或者是其他抗生素進行治療。而牙齦腫痛比較特殊，常跟厭氧菌感染相關，甲硝唑這類抗生素可能是首選，它的治療效果也更好。對于扁桃體發炎和牙齦腫痛這兩類不同的炎癥性疾病，選擇的抗生素也有所不同，扁桃體首選阿莫西林或頭孢，而牙齦腫痛首選甲硝唑。