腎結石引起的疼痛包括三個方面，第一是整個尿路，包括腎臟，輸尿管，膀胱、尿道為管道系統，存在結石時，會導致梗阻，可引起腎臟內壓力升高，病人可表現為脹痛隱痛。一種為體積較小的結石在腎臟內可活動，也可向輸尿管下方移動，輸尿管結石在其中的活動和移動，可刺激平滑肌，引起絞痛。此種疼痛較為劇烈，體積越小的結石活動度越大，更易產生絞痛。最后一種為結石合并感染、炎癥，可引起周圍腎組織及輸尿管的炎癥，也可導致炎癥滲出，引起病人疼痛。疼痛的程度、疼痛的性質，與感染程度、結石大小、梗阻程度等因素有關。