在中樞性神經系統的感染中，化膿性腦膜炎病死率為15%，化膿性腦膜炎的預后與病原菌和機體的情況，及其有效的抗生素治療密切相關，如治療不當，病變可由急性轉為慢性，少數化膿性腦膜炎可造成智力減低、癲癇。由于腦膜粘連，腦脊液循環障礙，可出現腦積水，以及顱神經受損麻痹后導致的如耳聾、視力障礙、斜視、面神經癱瘓等。腦底血管炎致管腔阻塞，也可以引起相應部位的腦缺血和梗死。