新生兒化膿性腦膜炎是比較嚴重疾病，其死亡率較高，發生后遺癥幾率也較高。新生兒化膿性腦膜炎常見后遺癥包括癲癇、感應性耳聾、神經運動發育異常、智力低下、學習困難、學習障礙等。 發生化膿性腦膜炎時，一定要積極配合治療，要足量療程，長期觀察才能夠減少后遺癥發生。一旦發生以上后遺癥時，針對后遺癥還應該進行相應治療。如在癲癇發生時可能要進行癲癇灶消融，部分患兒可能要長期服抗癲癇藥。如果出現精神運動發育障礙、智力低下等狀況，可能面臨長期康復治療。