功能性腹痛綜合征患者從兒童期開始，就會有持續性疼痛感覺或者反復發作，這種持續性腹痛與進食或者排便無關。疼痛的部位比較廣泛，而且定位不明確。患者習慣用手保護腹部，表現出腹痛很嚴重或不愿意觸碰或者不愿意讓醫生檢查腹部，甚至因為恐懼而閉眼。患者在陳述病史時，往往對腹痛描述得非常形象，但體格檢查時卻不能明確指出腹痛最劇烈的部分在哪。大部分患者都伴有心理障礙，表現為焦慮或者抑郁，疾病時好時壞經常反復發作，可能嚴重影響患者生活質量。本病持續時間較長，通常治療后預后良好。